Estadio Deportivo4 min lecturaSus inicios como entrenador llegaron en El Puig CF, desde donde pasó al filial del Villarreal, con el que logró ascender a Tercera División, Segunda División B y, finalmente, a Segunda División, allí lideró al conjunto que se convertiría en la revelación de la temporada 2009/2010.
En febrero de 2010, Garrido se hizo cargo del primer equipo tras la destitución del actual entrenador del Barcelona, Ernesto Valverde. Sus logros más destacados en el banquillo del club castellonense fueron una clasificación para la Liga de Campeones en el curso 2011/2012 y el acceso a las semifinales de la Liga Europa en esa misma temporada.Juan Carlos Garrido fue destituido del Villarreal en diciembre de 2011. El equipo había sido eliminado de la Copa del Rey por el modesto Mirandés y se asomaba al descenso con solo tres victorias en las dieciséis primeras jornadas de liga. Tras un pausa de casi un año, Garrido anunció su incorporación al cuerpo técnico del Brujas belga en noviembre de 2012. Esa misma temporada peleó con su club por la competición liguera hasta la penúltima jornada de las eliminatorias por el título. Tras ser destituido en el Brujas en 2013, el preparador valenciano firmó en diciembre de ese año por el Betis como relevo de Pepe Mel. Permaneció un mes en el club verdiblanco, ya que en enero de 2014 fue cesado tras una abultada derrota frente al Real Madrid. Garrido inició su aventura internacional en verano de 2014. A principios de julio se anunció su fichaje por el Al-Ahly y en septiembre cosechó su primer título: la Supercopa de Egipto. Dos meses después ganaría su primer gran campeonato de clubes, la Copa Confederación de África. En mayo de 2015 dejó el club tras ser eliminado de la Liga de Campeones de África.
El siguiente club de Juan Carlos Garrido sería el Al-Ettifaq saudí. Firmó en noviembre de 2016 pero fue destituido en febrero de 2017 tras una serie de malos resultados. En julio de 2017 se hizo pública su incorporación al Raja de Casablanca, donde consiguió acabar con una sequía de cuatro años sin títulos para el conjunto marroquí con la Copa del Trono y su segunda Copa Confederación de la CAF, algo inédito. A finales de enero de este año, fue cesado del conjunto marroquí y pocas semanas después firmó su nuevo contrato para dirigir al Al Ain emiratí.
Garrido parte con el objetivo de pelear la liga de Emiratos Árabes. Actualmente su nuevo club es el segundo clasificado, cinco puntos por debajo del Sharjah FC, y con seis jornadas todavía por disputarse.
Juan Carlos Garrido es, además, el primer entrenador en ganar la Copa Confederaciones de África con dos clubes diferentes y el único preparador español que ostenta dos veces el torneo organizado por la Confederación Africana de Fútbol.