Brad Binder, piloto de KTM RC, batió un nuevo récord de velocidad al marcar el mejor tiempo de clasificación oficial para el Gran Premio de Japón de MotoGP en Motegi. La segunda sesión de entrenamientos fue un auténtico récord, porque además de que Binder estableció un nuevo récord de 1:43.489 que batió en 2015 el español Jorge Lorenzo (Yamaha YZR M 1) con un tiempo de 1:43.790, su récord anterior también lo rompieron el italiano Francesco "Pecco" Bagnaia (Ducati Desmosedici GP23) y el español Aleix Espargaró (Aprilia RS-GP).
Pecco marcó un tiempo de 1:43.518, mientras que Aleix Espargaró marcó un tiempo de vuelta de 1:43.784 y aunque Jorge Martín (Ducati Desmosedici GP23) fue cuarto, marcó el mejor ritmo de toda la sesión. El primer líder oficial del entrenamiento fue el español Maverick Viñales (Aprilia RS-GP), pero su tiempo aún estuvo lejos de ser el más rápido de la categoría y sólo duró un momento, seguido por el sudafricano Brad Binder superando los 132 milisegundos.
La primera vuelta verdaderamente definitiva llegó unos minutos más tarde del piloto mejor preparado de la categoría, el piloto español Jorge Martín (Ducati Desmosedici GP23), que marcó un tiempo de 1:44.895 en la cuarta vuelta y 1:44.724 en la quinta. La primera sorpresa de la sesión fue la actuación del piloto francés Fabio Quartararo y su Yamaha YZR M 1, que acabó en cuarta posición, a sólo cuatro décimas de segundo de Martín. A medida que avanzaba la vuelta, Jorge Martín fue adelantado tanto por Quartararo como pronto por el portugués Miguel Oliveira (Aprilia RS-GP) por sólo 22 milisegundos sobre el francés.
En el otro lado de la tabla, el español Alex Rins continuó su recuperación/regreso a las pistas, pero sus esfuerzos matutinos se vieron afectados por la tarde cuando apenas completó cuatro rondas en la primera mitad de la ronda. Marc Márquez (Honda RC 213 V), que acabó décimo, última posición que garantizaba el pase a la segunda clasificación, entró en los últimos veinte minutos con la intención de mejorar su posición y mejorar él solo su tiempo y su ubicación. tercero, a 76 milisegundos de Oliveira.
En los últimos 15 minutos, la verdadera pelea comenzó con la llegada de Aleix Espargaró, que se mostró un poco cansado durante todo el día y se situó líder en la vuelta decimoquinta con un tiempo de 1:44.387, aunque también con Brad Binder y Jorge Martín está a una milésima de él. Mientras tanto, en otra parte de la pista, en el primer túnel, en la sexta curva, el jugador francés Fabio Quartararo entró a gran velocidad y no dudó en levantarse y correr, aunque cojeaba. Regresó a su taller y continuó trabajando en la segunda motocicleta, aunque primero tendría que sustituir el mono de cuero muy estropeado. Entre Binder y Espargaró, además de Jorge Martín, se colaron Maverick Viñales por el sudafricano y Johan Zarco por el español con Ducati, dejando a Marc Márquez fuera de la segunda categoría. Márquez fue superado por varios pilotos inusuales, como el italiano Fabio di Giannantonio (Ducati Desmosedici GP22), que incluso subió al primer puesto con un tiempo de tres décimas de segundo, 1:43.947, más rápido que Brad Binder (1:44.255).
Aleix Espargaró recuperó la primera posición con un tiempo de 1:43.784, seguido por Brad Binder, que batió el récord histórico con un tiempo de 1:43.489, a sólo 29 milisegundos del italiano Pecco. En ese mismo momento, en la primera curva, Marc Márquez se cayó, y una vez más se verá obligado a pasar de la primera clasificación al ser decimocuarto. Finalmente, Brad Binder, "Pecco" Bagnaia, Aleix Espargaró, Jorge Martín, Marco Bezzecchi, Fabio di Giannantonio, Johann Zarco, Maverick Viñales, Pol Espargaró y Jack Miller terminaron segundos. Y fuera de la segunda parte quedaron los pilotos oficiales de Honda Joan Mir y Marc Márquez, duodécimo y decimocuarto respectivamente, así como los pilotos de Yamaha Fabio Quartararo, decimotercero, que tuvo que acudir a la clínica por una notable cojera.