Cuando se confirmó la salida de Xavi del Fútbol Club Barcelona hace poco casi un mes después de caer ante el Villarreal, se desató la locura con los posibles nombres de sustitutos del catalán, pero uno de los primeros en salir a la palestra fue Rafa Márquez. El ex central mexicano, que dirige al Barça Atletic y cuya incorporación al primer equipo significaría mantener una línea continuista que otras veces ha funcionado en la entidad. Sin embargo, su postulación pública para el puesto no gustó y desde entonces la imagen del técnico se ha venido abajo y él, en lugar de arreglarlo, ha cometido un error que lo pone en el disparadero.
Tras un partido ante el Fuenlabrada dijo que estaba todo "en manos de la directiva", pero que era una oportunidad "a la que no se le puede decir que no". En lugar de apoyar a su antiguo compañero, pecó de egoísta, algo que cayó muy mal y que sumado a que acaba de cometer un error personal, le van a obligar a tomar un camino totalmente diferente.
Usando su cuenta de X (el antiguo twitter) y su perfil de instagram, ha promocionado dos veces en los últimos cuatro días a una casa de apuestas mexicana y pese a que ha borrado las publicaciones, es algo que está muy mal visto en el club, y aunque según adelanta Mundo Deportivo no le va a acarrear sanción, si que va a llevar su caso al departamento de integridad blaugrana, ya que se considera una 'falta grave' que puede generar un conflicto de intereses. Con esta situación sus opciones de ponerse al frente de la primera plantilla decaen considerablemente, incluso aunque Xavi sea despedido ante de tiempo y necesiten a un interino, él no será el hombre, principalmente debido a su declaración y a que Laporta busca alguien más contrastado.
Su llegada al filial se produjo en 2022 y desde entonces ha accedido a un playoff de ascenso a LaLiga Hypermotion -la pasada campaña, donde cayó ante el Real Madrid- y en la actual ocupa la cuarta plaza en el grupo 1 de la Primera RFEF, un puesto que le daría opciones de volver a jugar las eliminatorias para subir, aunque está a solo cuatro puntos del Nastic de Tarragona, que marca el ascenso directo. En todo caso, el contrato de Márquez finaliza en junio de 2024 y es casi seguro de que va a tomar un camino alejado del actual, en busca de un asiento en una liga superior, algo a lo que no va a optar en Can Barça, debido en gran medida a sus propios errores.